首先是一艘前往木星的探测船发现异常,ELS恐怖属性初露端倪,侵蚀了探测船并将其驶向地球。新角色联邦军的白发胸罩男强势武力介入,将探测船击坠,探测船的碎片散落到地球。在这之后37买花到医院探望614,614脑内异常感知,表情灰常痛苦;之后后沙子与路易斯去电影院看关于CB的纪录片,出了电影院614忽然头痛倒地,光盘眼再现。与此同时地球各处发生了莫名其妙的奇怪现象,联邦军开始着手调查此事。
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[br]CB方的傻子那(还是开着粒子罐型神棍00R)等人继续对联邦军进行小型武力介入,忽遇ELS攻击。傻子那为获取情报来到地面,遇见了ELS成型的虚拟李疯子,顿感惊讶,李疯子随后又立刻消失。
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[br]lockoff潜入联邦获取ELS情报;miss皇开始召回CB人众,阿雷与玛丽仍在环游世界中,玛丽偶遇小熊偷偷尾随,跳上一卡车想要翻入驾驶室内却被甩下(驾驶室内无人);lockoff来接阿雷夫妇回天人;提耶新肉体置备中。王女与席琳去Veda参观并返回。钉宫配音的新角色此刻与片桐眉来眼去擦出火花。但是直到最后片桐还是个处男。很悲剧的说。
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[br]傻子那与ELS进行第二次正面交锋,傻子那感知到ELS为生物体,无法下手攻击,被轻松击破,危急时刻提子厚道的驾拉斐尔前来解围。
回到托勒密,蓝色制服提子摘下头盔,再现肉身。众人惊讶,提子质问傻子那为何不攻击ELS,傻子那回答:“不知道、真的不知道。”于是提议与ELS对话。
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[br]木星在此时ELS本体出现,是一个大型的可移动ELS母星,之所以进攻地球是因为母星距离毁灭还有7日,在此之前必须要找到新的母星,于是看上了地球(很类似电影《独立日》中的外星人目的,但是那部片子的外星人属于蝗虫属性),这也就是PV中显示人类距离毁灭还有7日的原因。联邦军开始召集先遣部队清剿ELS,同时召集与ELS对话的准变革者候补成员,614也是其中之一,37欲前去阻止,阻止未果。
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[br]由白发胸罩男和暗算熊叔的那个人革连金中将带头组成的先遣部队率先向ELS开火。白发胸罩男在战斗中被ELS侵蚀同化挂掉,金中将毫无悬念的挂掉(熊叔你终于看到仇人死掉了,不亏啊)。联邦军先遣部队全灭,被侵蚀同化的杂兵GNX此刻全部成了ELS。CB此刻驾到,开始与ELS交战,CB众人与ELS第三次交锋,傻子那大喊:“你们来地球的目的是什么,回答我!!”(新PV),此时神棍的00R开启了trans am burst欲与ELS对话,结果被大量ELS侵蚀机体、傻子那脑细胞受损,眼看快要挂了,此时提耶拉斐尔隐藏机能展示,大背包分离成六翼天使,把傻子那机驾驶舱拽出。拉斐尔主机将攻击OOR的ELS引向自己爆机,提子再次舍弃肉体。此刻失去傻子那的CB处于超级不利的境地。lockoff和阿雷开Trans Am撤离,被ELS追上,眼看要被干掉之时哈姆带头的BRAVE小队闪亮登场,并救下了两台钢大木。之后ELS并没有攻击BRAVE队,而是围在00R和宇宙手推车(白发胸罩男)的周围 br]哈姆带来部队救援CB后,带受伤的傻子那回到托勒密,自己说道:我曾经是个愚蠢到想超越钢大木的男人。小粉红执傻子那之手流泪。爱上傻子那确认无疑。傻子那昏迷中再次梦见李疯子。
之后地球政府内部一团混乱,最后决定和ELS一战,在地球前构筑了7道防线。由柯南准将负责总指挥。CB的00Q此刻也配置到位,但傻子那意识未恢复。联邦军用卫星加农炮(memento mori 2世之类的)向ELS母星射了两次(中间有间隔),第一炮射透,第二炮被挡了下来。
[br]CB和地球联邦在月球附近与敌人进行决战,敌人中充斥着大量的之前先遣部队杂兵的GNX4,敌我数量比基本是10000对1,毫无胜算。同时战斗场面愈发激烈,lockoff再现鸡神各种地图炮,哈雷再次复活,与玛丽一起复座机难以调和。614作为联邦的对话第一人尝试性与ELS对话,但由于数据量太大,准变革程度无法读取。与此同时傻子那恢复后驾驶00Q再度出击。
[br]提子数据化后以TV版最终话的裸漂形式进入OOQ,将自己的数据和VEDA的一部分转移到00Q上面,作为傻那的辅助而存在,与傻子那共同完成对话。哈姆上战场进行特攻,为给傻子那开路,当00Q接近ELS母星表面时被一个战舰大小的ELS追上,情急之下傻子那使用了TA一击击坠了大型ELS,并在母星表面划了一道口,但00Q赶不及进入母星内部。此时身上已经身受重伤的哈姆对那道口展开了自杀式攻击,基情高喊着:上吧!少年!为了亲手开辟新未来而战斗!自爆身亡。同时在母星表面炸出了一个洞,00Q从那个洞钻进了ELS母星内部。可怜的哈姆太郎。。。。你死的好冤啊。。。。。。。在此期间,哈姆的新机体配合三红展现了宇宙级神棍的驾驶技术,和lockoff一起堪称此片之绝。鸡神神马的自愧不如。2000次男也再度上战场,也同时再现不死之身科拉萨瓦。小熊同时上场作为联邦军炮灰的一员也被干掉。临死时号称场面极为感人(熊叔啊,小熊看来是继承了你的意志。。。。。你可以安息了)
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[br]联邦军近七成军力被灭,托勒密也基本被ELS侵蚀,剩下的两台钢大木也被ELS侵蚀,最后驾驶员顺利逃脱。突入母星的傻子那和提子用量子系统和ELS的核心进行交流,得知ELS的真正的母星已经坠入类似太阳的恒星,为了生命的延续才放出了母星,并打算侵占地球,之后傻那和提耶利亚决定将00Q和ELS的核进行融合,ELS的母星变成了一朵花(就是00中一直出现的那朵花)ELS的攻击停止
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[br]30年后,大叔版37遇到对话归来、仍保持年轻的614(614变革成功),内牛满面。那朵花成为了联邦太阳能系统的重要组成部分。最后出现2091年,带着假发的伊奥利亚老头子与李疯子进行对话,2364年,地球有40%的人为变革者,并打算乘宇宙船斯美拉基号(miss皇)去外宇宙探索开发,CB最后成了探索宇宙的先头小队,变成80多岁老太太的的王女一个人在弹钢琴,此时相貌不变但头发变成银色,身体变成金属的傻子那出现,说道:你的话是对的,人们是可以相互理解的,最后和王女深情拥抱。。。。。。。。(菲尔特单相思。。。彻底悲剧了。。)而此刻外面则是开满了鲜花的00Q(极度衬托第二季每集结尾的鲜花00R)