在北京转车会比较方便，南京到北京的车很多的，四十几趟吧，普快到高铁价格不等（硬座150~445）。到北京后再做到大同的城际车（大约8趟，硬座54），整体时间最快约10个小时。

再有是一个小时到合肥（硬座39~61），再从合肥转车（有一趟杭州——包头的T284/281，硬座182），线路简单且价格较便宜，但时间较长，二十几个小时吧。先去杭州做那趟车也可以，始发站比较好买票。

第三是从南京先坐车到集宁（T282/283,硬座182），再从集宁转车回大同，火车或者大巴都行

或者如楼上所说从太原转，但车次不多而且个人不喜欢太原车站的办事风格。。。

以上是火车的线路，如果坐飞机要先去上海，但是较贵；也可以坐大巴到北京再转车，不过路途遥远，个人不推荐。