马尾之败，后人多委责于张佩纶等人，这对于这位未曾一展大志即被迫下野的福建船政大臣委实颇为不公。应该说真正的败因是在北京，而不是福州。

首先，自恭亲王、李鸿藻等一班原军机大臣在1884年4月被全班开缺后，新上任的醇亲王等人能力较前一班人马相差很大。其主持的北京中枢先是对战和犹豫不决，对于违反国际法（当时国际惯例，外国军舰驶入别国口岸，数量不得超过2艘，时间不得超过2周）的孤拔舰

队不知所措，居然让其深入到本国军事要地40余天，这是令人难以理解的。

其次，在危机已然到来之时，福州方面屡屡要求先发制人的情况下，居然还下令“如有蠢动，即行攻击”，实际上彻底限制了福州方面的战争决定权；张佩纶在21日闻知谈判破裂后立即请求速派南北洋新式兵船4—5艘于4日内抵达马尾才能阻止法国开战，而如此紧要的军情，军机处竟然在23日才向南北洋转寄求援电报。如此的昏聩，如此的迟疑，不败，可能么？

而此后更为可耻的是次年2月南洋舰队与法国分舰队的交战。5艘新式战舰对6艘敌舰，吨位几乎相当，火力上略略超过的南洋舰队在遭遇法国舰队后竟然立即转舵而逃，其“驭远”、“澄庆”速度较慢，被围困于石铺湾后，未发一炮即放水自沉，其怯战之心着实令人无法容忍。结果导致法国舰队攻占澎湖，切断了台湾与大陆之间的联系。而清军虽然在3月24日取得镇南关大捷，导致法国茹弗里内阁倒台，也无法利用这一战果获得更多外交成果。

4月4日，双方停战，6月9日，《中法天津条约》签订，中法战争正式宣告结束。