微生物是对所有形体微小，单细胞或个体结构较为简单的多细胞甚至无细胞结构的低等生物的总称。这是它的定义，主要包括真细菌，螺旋体，支原体，衣原体，立克次氏体，古菌，单细胞或多细胞真菌（关于大型真菌是不是微生物有争议）以及非细胞结构的病毒、类病毒和拟病毒等。值得注意的是，微生物不是一个自然分类的单位，包括了原生生物，原核生物，真菌等。将这些类群都作为微生物进行研究主要是因为他们具有一些共同的特征，如个体微小，生理结构以及生活环境有相似性，适应性和分布很广泛等等。