没有背叛，留在了方舟。根据《超级神基因》小说简介得知，超级神基因女主角没有背叛，为了保护方舟和地球的安全，毅然决定留在方舟上，与敌人展开了惨烈的战斗，《超级神基因》是由十二翼黑暗炽天使发布的玄幻小说。