功能性训练起源于损伤康复。物理治疗师在治疗运动员的损伤时通常得出这样的结论：损伤由于稳定肌功能欠佳，作用力转移至另一肌肉造成。一般来说，功能欠佳的肌肉为髋关节，脊柱或者肩胛、胸关节的稳定肌。这里就出现了一个明显的趋势：似乎总是相同的肌肉发生损伤。物理治疗师指出，薄弱环节常常存在于深层腹肌，髋关节稳定肌群和肩胛骨后缩肌群之中。于是人们便开始重视物理治疗师所说的功能持续性欠佳的肌肉，以保证运动员以最正确最安全的技术完成基本的动作。