平行志愿投档原则包括“分数（位次）优先”和“遵循志愿”。在“分数（位次）优先”原则下，考生根据位次进行排序，位次较低的考生须等待位次较高的考生填报的所有志愿都检索投档结束后，才轮到自己投档。在“遵循志愿”原则下，考生的志愿顺序优先被考虑，计算机按照考生填报志愿的顺序依次检索投档，直至完成投档。考生只能有一次投档机会，即便投档后被退档，也不能再投档至本轮次填报的其他志愿，只能参加本轮次的征求志愿或下一批次志愿的投档。

平行志愿与顺序志愿相比，最大的区别在于平行志愿中的各院校均为第一志愿，不存在“院校级差”现象。而顺序志愿则存在第一志愿、第二志愿等不同层次，部分院校对非第一志愿考生有录取限制。在平行志愿模式中，考生一旦被退档，只能参加本批次的征集志愿或下批次的投档录取，而顺序志愿模式下，被退档的考生仍有机会参加后续志愿的录取，平行志愿模式的退档后果更为严重。