温州北大新世纪和东瓯各有优势，具体哪个学校更好取决于个人需求和偏好。

在性质方面，温州北大新世纪是温州市教育局创办的四星级中学，属于公立学校，而温州东瓯中学是一所民办全日制寄宿完全中学，也由温州市教育局管理。

在师资力量方面，温州北大新世纪附属学校于1989年成立，拥有经验丰富的教师，而温州东瓯中学2001年才成立，相对而言师资力量可能不如温州北大新世纪附属学校。

综上所述，温州北大新世纪和东瓯都有各自的优点，选择哪个学校更好取决于个人的需求和偏好。如果更看重师资力量和学校的历史，可以考虑温州北大新世纪；如果更看重民办学校的灵活性和自主性，可以选择温州东瓯。