江苏省淮安生物工程高等职业学校设有多个系部，包括植物工程系、动物工程系、经济贸易系、机电工程系、计算机工程系、汽车工程系闭档和基础课部，同时拥有扬州大学、南京晓庄学院和北京科技大远程教育学院的学习中心。学校实验室设施完善，配备了先进的园艺、牧医、机电、汽车、会计和计算机六大实训中心，为学生提供了理论与实践相结合的学习环境，确保了他们实际工作能力的培养。

学校开设了22个大中专专业，其中包括现代园艺、畜牧兽医（省级示范专业）、机电一体化、汽车运用、计算机应用、软件技术、商务日语、数控技术以及会计电算化消态改等，涵盖了多个领域。2001年，该校与日本安城农林高校建立友好关系，增设了商务日语大专专业，聘请日本籍教师授课；软件技术专业则与印度国家信息技术学院合作，由印度籍专家主讲，采用全球同步教材，学员在模拟软件工厂环境中接受专门训练拿判，毕业后可获得大专文凭和印度认证，就业前景广阔。

经过系统学习和技能培训，该校毕业生通常能获得多项证书，深受企业欢迎。这不仅体现了学校的教学实力，也反映出毕业生的综合素质和市场竞争力。