hnRNA是mRNA的未成熟前体.两者之间的差别主要有两点：

一是hnRNA核苷酸链中的一些片段将不出现于相应的mRNA中,这些片段称为内含子(intron),而那些保留于mRNA中的片段称为外显子(exon).也就是说,hnRNA在转变为mRNA的过程中经过剪接,被去掉了一些片段,余下的片段被重新连接在一起。

二是mRNA的5′末端被加上一个m7pGppp帽子,在mRNA3′末端多了一个多聚腺苷酸(polyA)尾巴.mRNA从5′末端到3′末端的结构依次是5′帽子结构,5′末端非编码区,决定多肽氨基酸序列的编码区，3′末端非编码区,和多聚腺苷酸尾巴。

多聚腺苷酸尾一般由数十个至一百几十个腺苷酸连接而成.随着mRNA存在时间的延续,这段聚A尾巴慢慢变短.因此,目前认为这种3′末端结构可能与增加转录活性以及使mRNA趋于相对稳定有关.原核生物的mRNA没有这种首、尾结构。可见,mRNA要比hnRNA稳定。