目前，引物合成主要采用固相亚磷酰胺三酯法。这种方法不仅高效快速，而且起始反应物非常稳定。其原理是将DNA固定在固相载体上进行DNA链的合成，合成的方向是从待合成引物的3′端向5′端进行，相邻的核苷酸通过3′→5′磷酸二酯键连接。

具体操作流程如下：

首先，将预先连接在固相载体CPG上的核苷酸的5′-羟基保护基团DMT，通过与三氯乙酸反应，脱去DMT保护基团，使5′-羟基游离。接下来，合成DNA的原料亚磷酰胺保护核苷酸单体，与四氮唑混合，形成核苷亚磷酸活化中间体，3′端被活化，5′-羟基仍然保持DMT保护，与溶液中的游离5′-羟基发生缩合反应。

随后，进行带帽反应，以防止缩合反应中极少数的5′-羟基没有参与反应（大约少于2%）。用乙酸酐和1-甲基咪唑终止进一步反应，这些短片段可以在后续纯化过程中分离。最后，通过碘的氧化作用，将亚磷酰形式转变为更稳定的磷酸三酯。

通过以上步骤，一个脱氧核苷酸被连接到固相载体的核苷酸上。再以三氯乙酸脱去它的5′-羟基上的保护基团DMT，重复上述步骤，直到所有需要的碱基被合成连接。合成过程中可以观察TCA处理阶段的颜色变化来判定合成效率。

当所有碱基成功连接后，通过氨水高温处理，将连接在CPG上的引物切割下来，经过OPC、PAGE等手段进行纯化。成品引物通过C18浓缩、脱盐和沉淀处理后，用水悬浮，测定OD260定量，根据订单要求分装。