二者区别在于地理位置不同、建筑特征不同。

1、地理位置不同。婆罗浮屠位于东南亚的印度尼西亚，大约于公元750年至850年间，由当时统治爪哇岛的夏连特拉王朝统治者兴建；吴哥窟又称吴哥寺，位于柬埔寨西北部，被称作柬埔寨国宝，是世界上最大的庙宇类建筑，同时也是世界上最早的高棉式建筑。

2、建筑特征不同。婆罗浮屠是作为一整座大佛塔建造的，从上往下看它就像佛教金刚乘中的一座曼荼罗，同时代表着佛教的大千世界和心灵深处。塔基是一个正方形，边长大约118米。这座塔共九层，下面的六层是正方形，上面三层是圆形。顶层的中心是一座圆形佛塔，被七十二座钟形舍利塔团团包围。每座舍利塔装饰着许多孔，里面端坐着佛陀的雕像；吴哥窟的整体布局：一道明亮如镜的长方形护城河，围绕一个长方形的满是郁郁葱葱树木的绿洲，绿洲有一道寺庙围墙环绕。绿洲正中的建筑乃是吴哥窟寺的印度教式的须弥山金字坛。吴哥窟寺坐东朝西。一道由正西往正东的长堤，横穿护城河，直通寺庙围墙西大门。过西大门，又一条较长的道路，穿过翠绿的草地，直达寺庙的西大门。在金字塔式的寺庙的最高层，可见矗立着五座宝塔，如骰子五点梅花，其中四个宝塔较小，排四隅，一个大宝塔巍然矗立正中，与印度金刚宝座式塔布局相似，但五塔的间距宽阔，宝塔与宝塔之间连接游廊。