南充市住房和城乡建设局设12个内设机构，以实现其职责。这些机构在不同领域发挥着关键作用，为城市的建设和发展提供支持。
(一) 办公室：负责局机关的政务协调、督查督办、文电处理、机要、保密、文书档案管理，以及新闻宣传、目标管理、外事、机关后勤服务、社会治安综合治理工作。此外，办公室还负责办理人大代表议案、批评、建议和政协委员提案，并指导城镇建设档案工作。
(二) 计划财务科：组织编制住房和城乡建设事业(行业)发展规划，管理财政用于城乡建设系统的专项资金，并承担局统筹利用外资工作。该科还协调财税、价格政策在住房和城乡建设领域的落实，并负责局直管项目的立项论证、审核和报批。此外，财务科还负责行业经济信息统计和分析，以及所属单位的财务、国有资产管理工作。
(三) 执法监察科(信访科)：负责市住房和城乡建设重大问题与改革的政策研究，起草综合性文稿。该科组织起草规范性文件，并负责全市建设系统的行政执法工作。同时，该科负责市城市规划区内建设行政执法，依法查处和制止违法建设行为，承担法制宣传教育、行政复议、行政应诉、行政调解的有关工作。此外，该科还指导和协调市级住房和城乡建设民间组织工作，并负责信访件的受理和来访人员的接待。
(四) 住房保障和房地产管理科：指导县(市)住宅与房地产业工作，包括城镇土地使用权有偿转让和开发利用、房地产市场建设、城镇住宅建设、房地产开发等。该科还负责有关企业和机构的资质审查报批工作，参与房地产专业人员执业资格注册工作，并完成市政府交办的房地产管理的有关工作。
(五) 建筑管理科：拟订建筑业中长期发展规划和行业政策，监督执行市场准入与清出管理的规章制度。该科负责建设工程施工许可、工程质量和施工安全、工程竣工验收备案的监督检查，并参与工程重大质量、安全事故的调查处理。此外，建筑管理科还负责外来建设类企业及个人执业行为的监督管理，牵头组织出省出境工程承包、建筑劳务合作，监督执法各类房屋建筑工程和市政基础设施工程的招标投标活动，负责散装水泥的推广使用和监督检查，指导建筑行业诚信体系建设，参与各类建筑工程企业、单位的资质管理。
(六) 城市建设科：指导城镇基础设施建设和市政、公用事业、环卫事业的发展，拟订城镇建设、环境综合治理、市政公用事业、环卫事业的发展战略、中长期规划、产业政策、技术标准。该科负责市城市规划区范围内城镇排水设施的建设工作，并负责城市、建制镇的燃气、市政设施(城市道路、桥梁、路灯等)、市容环境卫生、垃圾处理、城市雕塑的监督管理工作。此外，该科还负责城市各类地下管网建设的监督管理，审批城市道路占道、挖掘工作，指导城镇市容环境综合治理工作。
(七) 村镇建设科：指导全市村镇建设工作，拟订村镇建设的发展战略和政策并监督实施。该科指导和管理全市乡镇和村庄的建设工作，涉及农村住房建设、建设质量管理和危房改造工作，农村建筑工匠培训和管理，以及农村公用设施建设和小城镇、村庄人居环境的改善工作。村镇建设科还承担历史文化名镇、名村的审核报批、保护和监督管理工作，组织村镇建设试点，并指导全市重点镇的建设。
(八) 设计与科技科(节能墙改办公室)：拟订勘察设计咨询业发展规划、产业及技术政策，管理勘察设计市场，并组织工程建设设计标准的编制、审定和推广。该科负责市属及以上国有投资工程(房屋及市政项目)的初步设计审查，指导城市地下空间的开发利用，并承担住房和城乡建设的防震减灾工作。此外，设计与科技科还拟订行业科技发展和建筑节能规划及相关技术政策，组织行业科技项目研究开发，指导科技成果转化、产品认证和推广应用，承担墙体材料革新工作，并指导行业信息化工作。
(九) 风景园林科(市园林绿化管理局)：负责全市风景名胜区、城镇园林绿化工作，指导城镇和风景名胜区的生物多样性保护工作。该科承担省级和国家级风景名胜区总体规划和详细规划以及重要建设项目规划审核报批的具体工作，并负责世界自然遗产和世界自然与文化遗产保护地建设项目审核报批的有关工作。此外，风景园林科还负责指导城市园林绿化和园林城市创建工作。
(十) 房屋征收管理科(市人民政府房屋征收管理办公室)：贯彻执行国有土地上房屋征收与补偿有关法律、法规和政策，负责市城市规划区范围内国有土地上房屋征收与补偿的管理工作，指导各县(市、区)国有土地上房屋征收与补偿工作，并负责房屋征收与补偿活动的监督检查和房屋征收实施单位的资格审查。
(十一) 行政审批科：承办市政府公布的有关行政审批事项，负责拟订行政许可事项审查(审核)的管理规定、标准、规程细则，并组织制定建筑业企业、单位资质标准的实施办法。此外，该科参与对建设类企业、注册执业人员市场行为的指导、检查和监督。
(十二) 人事科：负责局机关并指导所属事业单位的机构编制、人事管理、队伍建设、离退休人员的管理服务等工作。该科编制行业人才发展规划并组织实施，承办住房和城乡建设系统专业技术职称的评审和申报工作，并指导全市建设行业执业人员资格管理。此外，人事科还组织指导行业职工培训、技能鉴定和专业技术人员的继续教育。