巴·吉格木德曾担任多个重要学术职务，其中包括内蒙古医学院蒙医基础理论教研室的主任，中华医史学会的委员，中国少数民族科技史研究会的副理事长兼秘书长。他在学术领域中担任了《中华医史杂志》的编委，同时在《中国少数民族科技史丛书》中担任医学卷的副主编，以及高等医药院校蒙医学统编教材编审委员会的副总编。此外，他还担任了《中国少数民族科技史研究》杂志的编委，内蒙古科协的二届委员，中华医史学会内蒙古分会的主任委员，内蒙古蒙医学会的秘书长和副理事长。

巴·吉格木德的学术生涯中，他还担任了《蒙古学百科全书》医学卷的副主编，充分展示了他在学术研究领域的深厚造诣。目前，他继续发挥影响力，担任《中国民族医药杂志》编委会的顾问，同时在内蒙古中蒙医药工程协会和中国民族医药学会中分别担任常务理事和专家委员会成员，积极参与和推动学术交流和组织工作，为相关领域的发展做出了显著贡献。