1、营养成分不一样。黄金百香果果汁的蛋白质、矿物质含 量和总氨基酸含量显著高于紫色百香果。黄金果果汁中，含量最高的氨基酸是 L－谷氨酸， 为( 0.162 ± 0.003 ) g /100 g，含量最低的氨基酸是 L－缬氨酸，为( 0.004 ± 0.000) g /100 g。紫果1号果汁中，含量最高的氨基酸是 L－谷氨酸，为( 0.074 ± 0.002) g /100 g，含量最低的氨基酸是 L－缬氨酸，为( 0.003 ± 0.000) g /100 g。台农1号果汁中，含量最高的氨基酸是 L－谷氨酸，为 ( 0.096 ± 0.00) g /100 g，含量最低的氨基酸是 L－缬氨 酸，为( 0.003 ± 0.001) g /100 g。

2、黄金百香果以福建、海南为主，而紫皮百香果主要是来自于广西、越南、云南等地。

3、紫色果汁香味浓、甜度高，适合鲜食，果汁含量较低，平均果汁率 30% ； 黄果百香果果汁含量高，平均果汁率为 45%

4、成熟后外观颜色的区别，黄金百香果是金黄色的，果形近圆形，比紫色的形状更大一些；紫色百香果的颜色为紫黑色，外形为鸡蛋大小。紫皮百香果的颜色是紫红色的，黄金百香果未成熟的时候是绿色的，成熟后会慢慢变成金黄色，颜色越好看，成熟度就越高，然后慢慢百香果会变皱，变丑的百香果更甜更好吃。黄色果皮要比紫色的厚实些。

5、黄金百香果相比紫色百香果糖度高、价格高。紫色百香果口味酸，大部分人难以接受，一般都是作为调味品，泡水或者做菜，黄金百香果比紫色百香果的甜度更高，可直接吃，就像其他水果一样，味道很甜，群众接受度高；黄金百香果产量比紫色百香果产量低，物以稀为贵，价格也更高。