喀什地区位于中亚腹地，受其地理环境影响，属于暖温带大陆性干旱气候。该地区四季分明，日照时间长，气温的年际和日际变化显著，降水量少，蒸发强烈。夏季炎热但酷热期短暂；冬季虽无严寒，但低温持续时间较长；春夏季节多大风、沙暴和浮尘。由于地形的复杂性，喀什地区的气候存在较大差异，大致可以划分为五个区域：

1. 喀什平原气候区：涵盖喀什北部和中部广阔的冲积平原。年均气温在11.4℃至11.7℃之间，年降水量介于39至664毫米。四季变化明显，气温和降水量的年变化及日变化较大。该区域日照时间长，蒸发强烈，气候干燥。冬季低温持续时间长，夏季炎热，春季升温迅速，常出现倒春寒现象；秋季短暂，降温迅速。春季多大风和沙暴，浮尘天气频繁。

2. 沙漠荒漠气候区：包括喀什南部、麦盖提东部以及叶城东北部，属于塔克拉玛干沙漠荒漠区。该区域大陆性气候特征显著，年均气温超过11.3℃，冬季寒冷，夏季炎热，气温变化剧烈。降水稀少，气候干燥，年降水量在40毫米以下。风沙天气多，日照强烈。

3. 山地丘陵气候区：涉及叶城中部，巴楚和伽师北部，疏附、英吉沙以及莎车西部的海拔在1500至3000米的山区丘陵地带。年均气温低于11℃，冬季漫长，夏季短促，年降水量超过70毫米，主要集中在夏季，有时会出现大雨甚至暴雨引发的山洪。山区河谷地带气候适宜，夏季温热，冬季相对温暖。

4. 帕米尔高原气候区：主要是塔什库尔干塔吉克自治县。年均气温低于5℃，冬季漫长且寒冷，夏季温和。降水量较少，主要集中在春夏两季。大风天气多，光照充足，辐射强，天气晴朗。

5. 昆仑山气候区：主要包括塔什库尔干塔吉克自治县南部和叶城县南部。年均气温低于5℃，山峰终年积雪，气候严寒，空气干燥，低压缺氧，风大雪多，天气多变。全年可分为温暖的夏季和寒冷的冬季两个季节。