该地铁线路经过站点有深圳北站、塘朗站、前海湾站等。

1、深圳北站：深圳市规模最大、接驳功能最为齐全、设备技术最先进、客流量最大的特大型综合铁路枢纽，也是深圳地铁5号线经过的最大站点。

2、塘朗站：深圳地铁5号线与深圳地铁7号线的换乘站，位于南山区塘朗车辆段上方，沿塘朗山山麓呈东西向布置。

3、前海湾站：深圳地铁1号线、深圳地铁5号线和深圳地铁11号线的换乘站，位于深圳市南山区前海湾，为地下三层岛式车站。