电子配对理论、杂化轨道理论和分子轨道理论是描述分子结构的三种不同理论。它们各自有自己的优点和适用范围。

1. 异同点

（1）电子配对理论

电子配对理论是描述分子结构的最早的理论之一，主要应用于描述共价键的形成。该理论认为，分子中的共价键是由成对的电子形成的，并且分子中的电子会填充在能量最低的轨道中。由此可以预测分子的几何构型和化学性质。

（2）杂化轨道理论

杂化轨道理论是描述共价键形成的一种理论，其核心思想是混合原子轨道形成新的杂化轨道，从而形成共价键。杂化轨道理论可以解释许多分子的几何构型，如四面体型、三角双锥型等。杂化轨道理论也可以解释分子的化学性质，如分子的极性和反应性。

（3）分子轨道理论

分子轨道理论是描述分子结构的一种理论，其核心思想是将分子中的电子视为处于整个分子中的轨道中，而不是局限于原子或键上。分子轨道理论可以解释许多分子的性质，如共振现象和分子的光谱性质。

2. 异同点

（1）相同点

这三种理论都可以被用来描述分子的结构和化学性质。它们都是基于量子力学的原理发展起来的，可以解释许多分子的性质。它们都可以通过计算或实验得到分子的几何构型和化学性质。

（2）不同点

这三种理论的核心思想和适用范围都不同。电子配对理论主要应用于描述共价键的形成，而杂化轨道理论则是一种基于原子轨道的方法，用来描述分子中的共价键。分子轨道理论则是一种基于分子轨道的方法，可以描述分子中的电子密度分布和分子的光谱性质。

此外，这三种理论的数学模型和计算方法也不同。电子配对理论相对简单，只需要考虑分子中的电子对，而杂化轨道和分子轨道理论需要计算更多的轨道和能级。因此，它们的应用范围和适用性也不同。