主线剧情
001 云霄飞车杀人事件 (琴酒 、伏特加出场，工藤新一喝药变小。大幕拉开)
002 董事长千金诱拐事件(阿笠博士知道身份）
043江户川柯南诱拐事件(父母知道变小)
048~049外交官杀人事件(服部平次登场，第一次恢复)
054 电玩公司杀人事件 (龙舌兰出现，被炸死)
057~058福尔摩斯迷杀人事件(平次知道身份)
128 黑暗组织10亿抢劫事件 （宫野明美死亡，黑暗组织浮出水面）
129 来自黑暗组织的女子 大学教授杀人事件 (灰原哀出场）
176 与黑暗组织的再会（灰原篇）(皮斯克出场)
177 与黑暗组织的再会（柯南篇）
178 与黑暗组织的再会（解决篇） （皮斯克被琴酒灭口，贝尔摩德出场）
226 格斗游戏的陷阱（上集） （茱蒂出场）
227 格斗游戏的陷阱（下集）
230 诡密的乘客（上集） （赤井秀一出场，形势复杂）
231 诡密的乘客（下集）
242元太的灾难（提到GIN是左撇子)
258 来自芝加哥的男子（上集） （詹姆斯出场）
259 来自芝加哥的男子（下集）
269 犯罪的遗物 （上集） （毛利小五郎的卷宗被盗，目标直指柯南）
270 犯罪的遗物 （下集）
271 急忙掩饰的忽略（上集） （灰原被怀疑，形势危急）
272 急忙掩饰的忽略（下集）
277 英语教师VS西部名侦探（上集）
278 英语教师VS西部名侦探（下集）
279 迷宫的阴暗（上集）
280 迷宫的阴暗（下集）（发现克里斯就是美国已故大明星莎隆.宾亚德的女儿。）
286 工藤新一纽约事件（事件篇）
287 工藤新一纽约事件（推理篇）
288 工藤新一纽约事件（解决篇）（贝尔摩德扮成杀人魔登场，赤井秀一对其进行追踪）
307 无声的证据（前篇）（再次抓住黑暗组织的尾巴）
308 无声的证据（后篇）（下一集的引子）
309 与黑暗组织的接触（交涉篇）
310 与黑暗组织的接触（追踪篇）
311 与黑暗组织的接触（决死篇）（柯南得知组织在雇佣电脑工程师编写一个神秘的系统软件）
329金钱买不到的友情（上集）
330金钱买不到的友情（下集）(本集中提到了灰原的父亲：宫野厚司。是阿笠博士的旧识。)
335 东京现影所的秘密（前篇） （灰原被跟踪，山雨欲来）
336 东京现影所的秘密（前篇）
338 四辆保时捷（前篇）
339 四辆保时捷（后篇）
340 厕所里隐藏的秘密（前篇）
341 厕所里隐藏的秘密（后篇）
343 便利店的陷阱（前篇）
344 便利店的陷阱（后篇）（小兰发现茱蒂老师公寓墙后的照片）
345 直面黑色组织的对决!满月之夜的二元神秘事件 （茱蒂、赤井、詹姆斯身份曝光。卡尔瓦多斯出场，被赤井打断腿后自杀，第一次对决暂告段落）
346 寻找P股上的印记（前篇）
347 寻找P股上的印记（后篇）
361 帝丹高中的学校怪谈（前篇）
362 帝丹高中的学校怪谈（后篇）（真新出医生回归）
385 斯特拉迪瓦里小提琴的不和谐音(前奏曲)
386 斯特拉迪瓦里小提琴的不和谐音(间奏曲)
387 斯特拉迪瓦里小提琴的不和谐音(尾奏曲) (boss的手机号被发现，斗争新动向）
425 被组织的魔掌触碰的瞬间 （水无怜奈、基安蒂、科恩出场，烽烟再起）
429 无法回到从前的两人(前篇) （本堂瑛佑出场）
430 无法回到从前的两人(后篇)
462 黑暗组织的影子 年幼的目击者 （本堂瑛佑行事诡异，引起柯南注意）
463 黑暗组织的影子 奇妙的照明
464 黑暗组织的影子 谜样的高额报酬
465 黑暗组织的影子 珍珠的流星
484 黑色照片的去向（前篇）
485 黑色照片的去向（后篇）
491 红与黑的碰撞 开始 （最精彩的一个系列，不可不看）
492 红与黑的碰撞 血缘
493 红与黑的碰撞 绝叫
494 红与黑的碰撞 冥土
495 红与黑的碰撞 昏睡
496 红与黑的碰撞 侵入
497 红与黑的碰撞 觉醒
498 红与黑的碰撞 搅乱
499 红与黑的碰撞 伪装
500 红与黑的碰撞 遗言
501 红与黑的碰撞 嫌疑
502 红与黑的碰撞 洁白
503 红与黑的碰撞 决死
504 红与黑的碰撞 殉职 （第二次对决，赤井秀一疑似牺牲，水无怜奈身份受到怀疑）
509 红白黄色与侦探团（水无怜奈传递信息，组织排出一名代号为波本的侦探。冲矢昴出场，新一轮对决即将开始）
510 柯南VS W暗号之谜
511 推理对决！新一VS冲矢昴
542 让鱼儿消失的一角岩(前篇)
543 让鱼儿消失的一角岩(后篇)（冲矢昴的言语直逼灰原）
值得一提的是，004在漫画版中与动画版中不同。漫画版中那两个人就是琴酒和伏特加，柯南偷听了他们的对话而得知他们的代号。然而动画版却改成了两个长相相似的人，后来动画版054中柯南又莫名其妙地知道了琴酒和伏特加的代号。这成了柯南动画版剧情的一个漏洞，但已经没法弥补了。而且在漫画的“奇怪的寻亲杀人事件”中，宫野明美被琴酒杀害，而动画版改成了被警察逮捕。
另外第五部剧场版“向天国倒计时”中琴酒和伏特加也出场了，他们杀死了背叛组织的电脑工程师原佳明，并试图追杀雪莉，但是没有杀成。
第十三部剧场版“漆黑的追踪者”中琴酒、贝尔摩德、伏特加再度登场。根据剧透另一名登场的组织成员代号为爱尔兰。
内容简介（按时间顺序，并非剧集顺序）
*身为女明星的莎朗和工藤有希子一起向魔术师黑羽盗一（即怪盗基德的父亲，第一任怪盗）学习易容术，两人因此相识
*真实身份为黑衣组织杀手的莎朗杀害了一直在调查组织的FBI探员，即朱蒂的父亲，并放火烧了朱蒂的家以毁尸灭迹，只有年幼的朱蒂幸免遇难，并被她父亲的同事以“证人保护计划”保护起来
（莎朗对小朱蒂说的"A secret makes a woman woman”（秘密会使人有女人味）令她印象深刻）
*新一和兰到纽约游玩，有希子招待他们看百老会的歌剧“黄金苹果”，在剧院门口两人遇见并认识了莎朗，但是在歌剧开演前莎朗借口有事先行离开。歌剧中发生谋杀案，新一协助破案后，有希子留下录口供，让两人先乘taxi回酒店。路上两人为找莎朗给兰的手帕而下车，兰先是遇见了正在追捕银发杀人魔的赤井秀一，后又在废仓库遇见正在逃亡中的受伤的银发杀人魔。银发杀人魔在想将两人灭口时因栏杆断裂而从高处掉落，被兰和新一所救，事后银发杀人魔被发现自杀，但是可疑的是现场所有的痕迹都被抹去。 （286 工藤新一纽约事件 银发杀人魔为贝尔摩德假扮 毛利兰初见赤井秀一）
*莎朗假造了自己的死亡，并以自己的女儿克里丝的身份继续生活下去，在组织里代号是”贝尔摩德”（Vermouth即苦艾酒）
*新一被黑衣组织攻击，并被琴酒强行灌药而变成了柯南
*漫画版的新干线爆破事件中柯南得知了琴酒和伏特加的代号
*漫画版中的奇怪的寻亲杀人事件中宫野明美被琴酒杀害，但动画版改成了被警察逮捕。
* 电玩公司杀人事件 柯南偶遇黑暗组织的成员龙舌兰，但是他被炸死
*黑暗组织10亿抢劫事件 哀的姐姐宫野明美被杀害
*来自黑暗组织的女子 大学教授杀人事件 哀逃离组织并寄住阿笠博士家
*黑暗中的死角杀人事件，新出明智的父亲被其继母杀害，在柯南的协助下破案
*与黑暗组织的再会 哀被组织成员匹斯克绑架，后在柯南的协助下逃脱，匹斯克因身份暴露被琴酒灭口
（当时贝尔摩德也在现场，事后熄影并在日本定居下来。由于哀感觉当时有其他组织的成员在场，事后柯南开始怀疑她也是组织的一员）
* 贝尔摩德制造车祸企图害死新出明智一家，并开始假冒新出明智的身份。另一方面，长大的朱蒂加入了FBI，追查贝尔摩德来到了日本，在察觉了贝尔摩德的企图后暗中救下新出明智，并且自己以帝丹高中英语老师的身份潜伏下来，以便于监视
*危命的复活，柯南变回新一并化妆成黑衣骑士与兰见面，被化身成新出的贝尔摩德以及朱蒂老师发现
*格斗游戏的陷阱 朱蒂与柯南相识，并看见他借助园子破案（这是朱蒂的首次正式登场，显然她发现了柯南不简单，并且可能已经知道了内幕。）
*神秘的乘客 本集刚开始时琴酒和贝尔摩德的一段戏就表明了本集和主线有关。少年侦探团和博士一行在公车上遇到一起去美术馆的朱蒂和新出，这时哀感到车上有组织的成员变得非常害怕，后来公车被强盗劫持，虽然最后在众人的努力下强盗被抓，但是哀留在快爆炸的车上想一死了之，最后被柯南所救。 （现在看来哀感觉到的组织成员就是贝尔摩德，而朱蒂与她在一起应该是为了监视其行踪，好在在柯南的掩护下无论是朱蒂或是贝尔摩德都没有发现到哀。同时，本集也是赤井秀一的第一次正式登场，在最后他的报告表明他正在监视什么人（现在看来应该是协助朱蒂监视贝尔摩德）
*柯南等人认识了来自芝加哥的老人”詹姆士·布莱克”，后来他被误认为是某名人而遭绑架，后在柯南的协助下被救，并被赤井接走
*佐藤警官去和白鸟相亲，最终高木在柯南的帮助下成功阻止（本集唯一值得注意的是柯南是利用新出来达到冒充高木的目的的，但新出（贝尔摩德）帮助他圆了谎，这表明了贝尔摩德这时候已经知道了柯南=新一的秘密，原因可能是身为有希子好友，她很可能见过新一小时候的照片，因此发现了这个秘密，当然，他仍然谁也没告诉。另外从这一集开始新出出场的次数开始频繁，暗示他是与主线相关的人物）
*犯罪的纪念品事件（案件本身无关紧要，与主线有关就是目暮提到与毛利小五郎相关的案卷被偷，后又被送回来，暗示有人在调查他们，弄得柯南相当紧张。偷案卷的是贝尔摩德，主要目的是了解与新出相关的那个案件（可惜仍然遗漏了细节），将相关案卷都偷走就是为了误导FBI她的目标和毛利有关，在故事的最后有赤井监视毛利侦探所的画面，表明了FBI果然将注意力转向毛利，同时我们也进一步被青山误导）
*方块三角事件，柯南又一次在朱蒂面前破案（案件本身仍然无关紧要，这一集有几点值得注意：一是朱蒂在谈话中暗示柯南其身份已经暴露，并且提到了FBI。二是在案件中兰回想起自己曾经见到过”带黑色针织帽的男子”（即赤井秀一）；最后就是在故事结尾贝尔摩德发邮件给GIN，提到了雪莉酒，并且向打了叉的宫野志保（即哀）的照片发飞镖，旁边还有柯南和兰的照片。个人认为这个时候贝尔摩德正式接到组织追杀哀的指令）
*西部名侦探vs英语老师，案卷的丢失让柯南很不安，他基本肯定了克里丝是组织的成员，并进一步怀疑朱蒂=克里丝，刚巧赶来的服部对此很感兴趣，于是鼓动柯南去朱蒂的公寓试探，在双方接触过程中发生命案，案子虽然解决，但是对朱蒂的试探未果。（这一集的重点就是在最后朱蒂的浴室的镜子后面出现的柯南和兰的照片，并且照片上的字迹和贝尔摩德的一模一样，按照后来的说法，这是朱蒂曾潜入新出（即贝尔摩德）的房间，发现相关的照片后复制的，同时朱蒂也借此知道了贝尔摩德的目标是哀，不过当时这些照片的出现，显然给了我们朱蒂=贝尔摩德的很大的误导。另外柯南最后说的除朱蒂外的另两个可疑人物应该是赤井和新出）
*中华街雨中的似曾相识。承接前面兰回忆起“戴黑色针织帽的男子”，通过兰在发烧病倒时的回忆倒述了黄金苹果事件（具体见前）
*无声的证据，小五郎受托寻找失踪的电脑工程师板仓卓，从委托人的谈话中柯南了解到他就是当年在电玩公司杀人事件中被炸死的组织成员tequila接触的对象。最后通过追查案件，柯南获得了组织的线索--板仓的日记（案子的最后柯南和兰遇到了赤井秀一，提到了宫野明美）另外借此，柯南也了解到了当年兰和赤井相遇
柯南通过板仓的日记了解到了黑暗组织的行踪，并试图冒充板仓与伏特加接头，但是被Gin识破而失败（虽然是和黑暗组织的较量，但是和主线剧情的关系并不大（感觉Gin和伏特加都被排除在主线之外了），唯一的影响就是最后柯南和哀离开，时“恰巧”被赤井看到，好像哀也对此有所感觉。另外板仓的日记中提到黑暗组织的庞大计划甚至影响到人类的前途，看来我们的柯南离“拯救世界”的老套不远了）
*金钱买不到的友情 （剧情本身和主线无关，但是在开始时，阿笠博士提到哀的父亲宫野厚司是一个很有名的疯狂科学家，而母亲贺利娜是一个英国留学生，并且黑暗组织可能正在从事让死人复活的计划）
*黑暗中的圈套，少年侦探团遇到杀人事件，柯南协助解决。其中值得注意的是在故事的整个过程中柯南和哀都感觉到自己被人跟踪，不过跟踪者最后被迫放弃 （最后赤井秀一的出场，表明跟踪他们的人是FBI，由于哀与照片中的人物相似，因此FBI猜测她就是贝尔摩德的目标。另外最后赤井对着哀的照片说了一句“真是太像了”暗示他和哀以前就曾相识，奇怪的是朱蒂和赤井好像不常联系，也不是经常互通信息）
* 四辆保时捷 哀得了感冒发烧，博士和柯南送他去医院，但在停车场遇到命案而被阻，后来又遇到购物中的兰、园子和朱蒂，发现他们行踪的赤井秀一也跟踪而至，最后柯南解决了案件，但是博士却借朱蒂的车将哀送回了家，并找来新出医生给哀看病。故事的最后出现了贝尔摩德将哀的照片烧毁，并说“准备好了吗？我发现了，我去找你了”的画面 （这下哀可算是彻底暴露了，贝尔摩德和FBI双方都知道了她的住址，贝尔摩德还在博士家安了窃听器）
*博士带柯南和哀去访问哀的父亲生前的好友，设计师出岛壮平，试图了解更多关于哀的父亲的事。当然在设计所免不了又发生命案，柯南在破案的同时，也找到了由哀的姐姐设法藏在设计所的，哀的母亲留给哀的录音带。（哀的母亲在留给哀的19岁的录音中应该提到了某件惊人的事情，不过出于青山爱卖关子的癖好，我们对此仍一无所知。另外在故事的最后，贝尔摩德打电话找组织成员”卡尔多瓦斯”（即苹果酒）来帮忙，正策划着某项行动）
PS：这位卡尔多瓦斯可算是组指出场成员中最霉的一个，连个脸都没露，话没说半句就挂了。
*朱蒂辞去了帝丹高中的老师的职务（显然是也将有所行动），不过在兰和园子到朱蒂家中开Party时，兰意外发现了镜子背后的照片。
*贝尔摩德策划了幽灵船活动，邀请了小五郎、新一和Gin，试图调开柯南而刺杀哀；朱蒂了解到了这个计划，抢先一步接走哀并试图将贝尔摩德引入陷阱，但是贝尔摩德已经知道了这个陷阱，并将计就计作了安排；另一方面，柯南邀请服部化妆成自己赴会，而自己在母亲有希子的帮助下化妆成哀试图和黑衣组织接触；但是哀不放心柯南去，而偷了柯南的跟踪眼镜跟踪前往；最后，兰因为想了解朱蒂的真正身份，躲在了朱蒂的汽车的后备箱里。。。。真是错综复杂，其间各方势力相互冲突，各个密底纷纷揭晓，形势几变，具体情节这里也不详述了。最后贝尔摩德还是逃脱了赤井的追捕，也又一次放过了柯南，并且向Gin隐瞒了柯南和哀的事，而朱蒂设法瞒过了兰，兰仍然一无所知。（柯南知道了黑暗组织BOSS的邮箱地址，即“七个孩子”的曲子）
*柯南等人去一钢琴世家，调查“七个孩子”的曲子
*小五郎在与播音员水无怜奈的对话中得知她被恶作剧的门铃所困扰一事，便与柯南及兰一同前往怜奈的家。 小五郎等人虽然抓到了犯人,但此时，柯南却从安装的窃听器中觉察到怜奈实际是黑色组织同党一事。 随后，黑色组织制定了于下午1点在edayP暗杀一个代号为DJ的人的计划。遭到FBI与柯南的阻止，水无怜奈受伤，昏迷不醒。
*贝尔摩德去水无怜奈出事目击者家，得到柯南注意。
*小兰的新同班同学本堂瑛佑总给柯南不好的感觉，四处寻找自己的姐姐本堂瑛海，本堂瑛海与水无怜奈长相一摸一样，但是血型不对。黑暗组织四处寻找水无怜奈，得到FBI帮助的水无怜奈假装昏迷不醒，被本堂瑛佑袭击后不得不说出真实身份，原来水无怜奈为CIA的卧底，水无怜奈答应赤井秀一重新返回组织，但是接到的第一个任务就是杀死赤井秀一。赤井秀一疑似牺牲。
*水无怜奈向茱蒂透漏情报，组织排出了一个厉害的侦探波本。工藤新一的房子里搬来新房客，名为冲矢昂。据灰原哀反应来看此人来头不小。他到底是组织的卧底波本还是重生的赤井秀一？