2024年中国民用航空飞行学院研究生学费分为学术型与专业型两类。学术型研究生学费设有7200元/年与8000元/年两种标准，而专业型研究生的学费则为9000元/年与12000元/年。具体各专业收费标准如下：管理科学与工程、航空宇航科学与技术、交通运输工程及安全科学与工程的学费均为7200元/年与8000元/年，而大气科学的学费也同样是8000元/年。体育专业与部分专业学位则分别设定了9000元/年与12000元/年的学费标准。

中国民用航空飞行学院为研究生设立多种奖助学金政策以支持其学业。所有全日制研究生（除有固定工资收入者外）均可享受每生每学年6000元的助学金。全日制研究生还可申请学业奖学金，该奖学金覆盖100%，最高额度可达12000元/年。此外，学校也为研究生提供各类优秀奖学金以及助研、助教、助管等“三助”机会。