继续教育学院本科证与全日制本科证在多个方面存在差异。首先，从入学途径来看，普通高考录取的学生将获得注明为“普通高等教育毕业证书”的证书，而通过成人高考入学的学生则会获得注明为“成人高等教育”毕业证书的学位。同样，通过自学考试获得的学位证书上会标注“高等教育自学考试”。网络教育的毕业生则会收到标有“网络教育”字样的毕业证书。

其次，证书的含金量也有所不同。通常情况下，全日制本科证书因其严格的入学考试要求及系统化的教育模式，被认为具有较高的学术价值和社会认可度。相比之下，成人高等教育、自学考试及网络教育虽然提供了灵活的学习方式，但在某些行业或岗位的招聘过程中，可能不会得到与全日制同等的认可。

此外，不同类型的证书在就业、升学等方面也存在差异。对于就业市场而言，许多岗位会优先考虑拥有全日制本科证书的应聘者，尤其是在需要较高学历背景的专业领域。而在继续教育学院获得的证书，则可能在某些特定领域或个人职业发展路径中展现出其独特优势。

总体而言，继续教育学院本科证与全日制本科证在入学途径、证书含金量以及就业、升学等方面均存在显著差异。选择哪种类型的证书，需要根据个人的具体需求和职业规划来决定。