河北农业大学分校与总校的主要区别在于所处地域与专业领域。

保定校区作为总校，招收的专业共有32个，部分专业采取大类招生模式，如电器类、林学类、机械类、工商管理类等。该校区优势专业，如农学、畜牧学等均设在本部。

秦皇岛校区，又称河北农业大学海洋学院，位于秦皇岛。原为河北水产学校，后并入河北农业大学。秦皇岛校区的专业以海洋科学、水产养殖学为主。本科招生专业包括计算机科学与技术、机械设计制造及其自动化、旅游管理、环境科学、海洋科学类等5个。

渤海校区，位于沧州渤海新区，以其化工制药、食品科学、水利水电为特色。所招收的专业有化学工程与工艺、制药工程、水利水电工程、食品质量与安全、食品科学与工程等9个。