南京工业大学与南京工程学院相比，南京工业大学好。因为

1、从办学层次上，南工大层次更高，南京工业大学入选了“双万计划”建设高校，还是省重点大学。

2、大学排名上，南工大排名更靠前，南京工业大学排在全国前100名，省内13名，南京工程学院排在全国前300名，省内24名。因此，南京工业大学与南京工程学院相比，南京工业大学好。南京工业大学，简称南工大，该校位于江苏省南京市，成立于1902年，2001年由原南京化工大学与原南京建筑工程学院合并组建。南京工业大学是首批入选国家“高等学校创新能力提升计划”高校，也是江苏高水平大学建设高峰计划A类建设高校。