第一，绩效指标的设定不准确。很多企业设定的绩效指标不能指向战略，最后考核的结果没有达到企业的预期目标。管理者经常需要动态的调整绩效指标，例如，如果企业当期制定的是一个扩张的战略，那么绩效考核指标就应该围绕扩张的战略而设定；如果当期的战略是稳定发展，那指标就要调整成利于稳定发展的考核指标。每个单位在不同的发展阶段，绩效考核的指标都会不一样，所以就对人力资源管理者的能力要求非常高。这是当前的一个瓶颈。

第二，绩效管理信息化基础不好。现在很多企业在做绩效考核的时候，认为定性考核会有失客观，往往希望采用定量考核。而采用定量考核，数据的提取和采集将成为考核的重点，也是难点。这种情况下，如果信息化管理基础不好、不扎实，那么定量考核就会大大增加企业的管理成本，有时数据采集的不及时，不准确，考核结果甚至会是一场灾难。

第三，绩效考核结果难以保证公平公正。例如，有些单位会采用360度评估工具用于年底的绩效考核，由此带来的近视效应、老好人、手松手紧等人为因素使考核的结果很难保证公平、公正。例如：有的领导看谁都不错，打分就倾向于打高分；有的领导看谁都觉得有问题，总是习惯打低分。