吉林大学最好的学科是马克思主义理论和化学专业。

根据教育部全国第四轮学科评估结果可知，吉林大学学科评估结果共有A、B、C三类专业的评级排名。这些上榜学科均属于吉林大学的优势学科，实力强盛。

吉林大学A类学科有马克思主义理论、化学。

吉林大学A-类学科有哲学、法学、政治学、考古学、数学、物理学、机械工程、计算机科学与技术、工商管理。

吉林大学B+类学科有理论经济学、应用经济学、社会学、中国语言文学、生物学、统计学、仪器科学与技术、材料科学与工程、电子科学与技术、地质资源与地质工程、农业工程、软件工程、兽医学、公共管理。

吉林大学B类学科有外国语言文学、中国史、世界史、地质学、控制科学与工程、交通运输工程、环境科学与工程、食品科学与工程、基础医学、临床医学、药学、图书情报与档案管理。

吉林大学B-类学科有动力工程及工程热物理、信息与通信工程、水利工程、化学工程与技术、畜牧学、口腔医学、公共卫生与预防医学、护理学、管理科学与工程。

吉林大学C类学科有新闻传播学、地球物理学、力学、土木工程。

吉林大学C-类学科有心理学、体育学、生物医学工程、植物保护、戏剧与影视学、设计学。

以上吉林大学学科中包含的专业，都可以称作为吉林大学的好专业，其中吉林大学A、A-类学科包含的专业，更可以视为吉林大学的王牌专业。