瓦赫宁根大学的历史源远流长，始于1876年，当时国家接管了当地的农技学院，标志着其教育与研究活动的正式起步。在接下来的几十年里，瓦赫宁根大学经历了逐步扩张和深化的过程。

1876年至1918年间，瓦赫宁根大学的影响力逐渐扩大，先后在马斯特里赫特、莱顿、吕伐登等地设立了多个地方性研究所，这些研究所为大学的发展奠定了坚实的基础。1918年，一个重要的里程碑来临，瓦赫宁根大学正式被授予大学的头衔，确立了其作为高等教育机构的地位。

1918年后的九十多年里，瓦赫宁根大学稳步前行，不断整合和壮大。这个阶段，它不仅巩固了原有的研究机构，还通过合并早期的研究所，实现了资源的优化配置和学术实力的提升。2002年，大学的结构与规模达到了一个新的高度。

2004年，瓦赫宁根大学又迎来了新的发展机遇，万豪-劳伦斯坦农学院并入WUR，进一步增强了其在农业科学领域的领先地位。这一举措不仅扩大了学科领域，也强化了瓦赫宁根大学在国际教育和科研舞台上的影响力。