何氏起源可追溯至姬姓，源于周文王之后。传说黄帝为少典之子，因居姬水之滨改姓姬。其后裔后稷被周人尊为始祖。周成王之弟唐叔虞的后裔韩王安被秦所灭，子孙逃至江淮一带，因"韩"、"何"音近，后代误写为"何"，沿用至今。

唐代昭武九姓之一亦有何氏。昭武九姓指阿姆河、锡尔河流域各氏族，包括康、史、安、曹、石、米、何、火寻和戊地。此外，何氏亦有出自冒姓或赐姓的情况，如汉时的何苗，本姓朱，后冒姓何；北魏孝文帝迁都洛阳后，鲜卑复姓贺拔氏改为单姓何氏；五代时吐谷浑亦有此姓，吐谷浑为鲜卑的一支；元末吐蕃宣抚使锁南之子铭入明后，朝廷赐姓何氏。

何氏家乘谱牒在各地均有记载。上海的何氏家谱一卷，竿山何氏族谱不分卷；江苏的宿迁何氏族谱、泰兴何氏家乘十四卷首一卷、京江何氏家乘二卷、丹阳何氏重修家乘二十卷；浙江的萧山何氏宗谱十五卷首一卷、萧山芹沂何氏宗谱十五卷首一卷、泉溪何氏宗谱六卷、金陵何氏宗谱八卷；安徽的淮南何氏宗谱二卷、庐江何氏宗谱三卷首一卷末一卷、桐城何氏族谱四十九卷、休宁县率口何氏族谱十二卷；广东的何氏家谱不分卷、香山小览何氏九郎族谱八卷、南海烟桥何氏家谱九卷首一卷、新会大塘派何氏家谱一卷。