华中科技大学自动化学院提供多个本科专业，包括自动化专业、测控技术与仪器专业和物流系统工程专业，旨在培养具有宽厚扎实专业理论基础和现代科学创新意识的复合型人才。

自动化专业着重于培养在控制科学与工程领域从事理论研究、科技开发与组织管理的高素质人才，课程包括电路理论、模拟电子技术等，强调控（制）管（理）结合，强（电）弱（电）并重，软（件）硬（件）兼施。

测控技术与仪器专业以现代控制技术为基础，培养学生具备光、机、电、计算机结合的测控技术与科研能力，课程涵盖电路理论、数字信号处理等，注重工程实践训练和计算机应用技术。

物流系统工程专业则以宽口径教育模式，培养学生在物流服务领域从事组织管理、科技开发的能力，课程涵盖了数据结构、管理学等，注重物流系统规划与管理、物流信息化与自动化等实践应用。

所有专业都强调人文科学与自然科学的综合素养，掌握前沿理论知识，以及获取新知识和创新的能力，同时与学校其他院系如信息学院、管理学院等合作，强化实践和国际化视野。