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南京林业大学有8个博士后流动站、8个博士学位授权一级学科、26个硕士学位授权一级学科和19个硕士专业学位授权类别。

学校现有工程学、植物与动物科学、农业科学、材料科学、化学、环境与生态和生物与生物化学7个ESI全球机构学科排名前1%，林业工程1个国家一流学科，林业工程、生态学2个一级学科国家重点学科，林木遗传育种、林产化学加工工程、木材科学与技术、森林保护学等4个二级学科国家重点学科。

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