精河县境内有精河、大河沿子河、托托河、阿恰勒河等四条较大河流及艾比湖等水系。

艾比湖是精河县境惟一大湖，也是新疆第二大咸水湖。位于会境北部35公里处，阿位山口东南。湖身呈椭圆状。湖面海拔189米，是博尔塔拉蒙古自治州最低点。博尔塔拉河、精河、奎屯河分别自西、南、东三面注入艾比湖，是水的主要来源，还有艾比湖盆地内的大量地下径流的泉水源源注入，是典型的内陆盐湖。湖区有盐、硭硝、硫酸镁、硼、溴、碘等矿藏。阳光充足，年日照率61%—64%。