严格来说，智能手机只有三大操作系统，分别为：

IOS（苹果手机）

ANDROID（安卓手机）

WINDOWS MOBILE（如今已阵亡）

由于WINDOWS MOBILE已经基本退出智能手机市场，本回答就不作讨论了。

因为IOS的原生封闭性，搭载IOS系统的厂商只有苹果一家，刚好相反的是，因为安卓系统开源的原因，非常多的手机厂商基于安卓系统研发出了许多UI风格、交互方式逻辑迥异的操作系统（包括三星），以期构建自家的生态系统，网罗更多的用户。其中最著名的基于安卓的三大操作系统皆为国产，分别是：

MIUI（小米手机）

FLYME OS（魅族手机）

SMARTISAN OS（锤子手机）

以上这三款基于安卓的操作系统是知名度最高的操作系统，也被讨论得最多，MIUI功能全面，该有的，不该有的，都有，近些年已经开始做功能精简，FLYME OS风格最像IOS，毛玻璃设计非常多，动画效果在三个系统中做得最好，功能也足够全面。SMARTISAN OS严格来说是非常小众的系统，因为其搭载的设备用户非常少，之所以被讨论得最多，是因为其创始人的网红身份带来得传播红利，其系统特征是在一众扁平化设计中坚持拟物风格，拥有一些对小部分受众来说非常有用的创新功能，对市面上成熟的软件方案整合能力很强，注重操作效率，用户喜爱度两极分化，实际上，SMARTISAN OS一定层面上是把现今的智能手机功能装进了IOS 6的UI里面，在很多人眼里显得老气横秋，不合时宜。

说了一堆废话。

最好的手机操作系统我来排序的话：

IOS（毫无疑问，当之无愧，最强大的智能手机操作系统）

MIUI

FLYME OS

SMARTISAN OS

IOS

MIUI

FLYME OS

SMARTISAN OS

以上。