556集 红白黄与侦探团
剧情简介：以灰原为目标的黑暗组织展开了新的调查，执行此任务的人代号波本。另一方面，同校学生开仁拜托少年侦探团调查住在他们家的奇怪房客，可当柯南他们第二天赶到时，却发现公寓已被大火烧毁，在这片废墟中，警方找到了开仁的日记，他分别给三名房客起绰号为红、白、黄，而黄色的人很有可能就是放火的人。
557集 柯南VS双重暗号之谜
剧情简介：从日记中得知自己被命名为黑白君后，柯南一下就明白了开仁以颜色为代号的原因，他先将红色的人和白色的人找出来，最后剩下的那个人自然就是纵火犯。案件结束后，其中一名房客冲矢暂时住进了工藤新一的家里，小兰和园子前去打扫卫生时见识到了冲矢的推理，于是，两人计划让新一和冲矢较量一番，所要破解的谜题就是最近在市内传的沸沸扬扬的奇怪纸飞机事件。
558集 推理对决！新一VS冲失昴
剧情简介：根据纸飞机上的图案，柯南和冲矢几乎在同一时间明白这是急救用的摩斯密码，而投纸飞机的人想传达的则是紧急求救的信息，之后，小兰将其他两只纸飞机发到新一的手机上，将这三个带有暗号的纸飞机串联在一起，新一推断出被绑架的人就是电视上成日报道的代田社长以及他所在的地点，得知这些以后，小兰不顾自己的安危冲进了绑匪的据点。
562集 怪盗基德的瞬间移动魔术(上集)
剧情简介：园子的叔叔次郎吉因为抓不到基德而整日噩梦缠身，于是，他再次策划了基德抓捕计划，这次他以宝石凉鞋“紫色指甲”为诱饵，并将展示台设在基德不能使用滑翔翼的银座正中央地面上，在粉丝们的期待下基德出现并成功拿到宝石，就在这时，四个路口被巨大的网子隔开，犹如笼中鸟的基德从容不迫，放出烟雾后瞬间移动到了30公尺高的大楼，因为其中一颗宝石是赝品，于是他宣布自己次日还会再来。
563集 怪盗基德的瞬间移动魔术(下集)
剧情简介：为防止基德混入人群，次郎吉将所有人都隔离在防护网外，在众粉丝表示不满的同时，基德也宣告自己不会在如此冷清的舞台表演，在他的煽动下，粉丝们冲破包围网。魔术表演开始以前，他找到死对头柯南并在他身上安装了窃听器，一切准备就绪，基德顺利拿走了宝石鞋子，然而就在他通往楼顶的途中，看破瞬间移动的柯南出现在楼顶……
570集 杀人犯，工藤新一(上集)
剧情简介：工藤收到屋田诚人的信，信上说他一年前办的案子有差错让他重新调查，于是，在服部、小五郎等人的陪伴下他们一起前往那个村庄。柯南只身来到了信上所说的地址，不想被关进了小木屋，就在这时，他因为误食解药的身体开始发生变化，逃脱期间掉进了旁边的湖里，被人发现时他已经失去记忆。为了让他想起过去，服部一行带着新一来到了当时的案发现场日源村长家...
571集 杀人犯，工藤新一(下集)
剧情简介：虽然没找到什么关键线索，但小五郎他们却从当地人口中得知了死罗神的传说，难道这一切都是死罗神的惩罚？次日一大早，新一就独自前往日源村长家，当服部赶到时，竟然看到新一满身是血的站在记者河内深里旁边，他深信凶手一定不是新一，于是在警察赶到前将他藏到了后车厢，并且还特意交代让小兰、和叶等人暂时瞒过警察，可小兰却突然跑进了森林…
593集 鱼儿消失的一角岩(上集)
剧情简介：前往海边钓鱼的柯南等人，在和代替阿笠博士来迎接他们的冲矢昴一起回去的路上，顺道去了有着神奇传说的一角岩参观，在这里大伙儿看到岩石上面刻着“青鱼、鲤鱼、鲷鱼和比目鱼”四种鱼名并且还发现了一名身穿潜水服的女性遗体，虽然状似意外脱水而亡但这却瞒不过柯南的眼睛，根据口红和调节器他推断出这是一起杀人事件。
594集 鱼儿消失的一角岩(下集)
剧情简介：根据岩石上的暗号以及死者潜水表上刻意抹去的字，步美、光彦和元太三人展开了讨论，虽然没有揭示出这些信息的含义但柯南和冲矢昴却从他们那里得到了启示，就在与死者一起潜水的三个同伴吵闹着要离开一角岩时，警察却在柯南的提醒下找到了杀人犯，没想到凶手竟然以步美为人质想要逃脱抓捕，所幸冲矢昴出手相救，然而这个成为大家英雄的人却总给灰原一种无形的压迫感。
623集 妖怪仓库的夺宝战争(下集)
剧情简介：大家二次来到仓库后发现了在门上方供奉着的神坛，而让柯南更为好奇的是神坛对面的大算盘，这很可能是启动机关的钥匙，仔细观察仓库之后，柯南发现了其中的蹊跷，他叫来警察与他一起根据灰尘的多少拨动算珠，果不其然，天花板渐渐向下移动，警察不仅在这里找到了被盗的宝物还抓住了偷盗者，案件结束后，柯南揪出了那个一直暗中帮助元太他们的“军师”，而这个人正是…
629集 引发危机的红色前兆
剧情简介：就在步美、元太他们因为明天看不到期待的球员上场而唉声叹气时，结识了一个名叫代田恭三的男人，他将对明天无限憧憬的正能量传达给了少年侦探团，大家也因此变的积极起来，但柯南却察觉到这个人的异常，果不其然这个看似充满希望的人却企图卧轨自杀，这到底是为了什么？小兰误接了“红色长袖t恤之谜”的委托，于是，柯南和小五郎一起去百货公司会见委托人，不想却在这里遇到…
630集 黑色13的暗示
剧情简介：柯南他们在米花百货大楼里遇到了一个被不明人士绑满炸弹的男人，他说歹徒的目的是为了抓住每周给他寄红色t恤的人，如果找不到那个人，歹徒将引爆散落在各处的炸弹，面对如此危机的状况，柯南将如何应对？与此同时，貌似赤井秀一的烧伤男性也出现在了这栋大厦中，他给茱蒂老师留下“此处有危险”的讯息后消失不见，而得知赤井出没米花百货消息的黑衣组织也展开了行动，这个人真的是赤井秀一吗？