日文中经常称厕所为「トイレ」（toire），这是从英语单字「toilet」转换而成的外来语，另外トイレ也可指马桶本身。与动画的日文「アニメ」（anime）类似，トイレ也常被误认为是来自法语的词汇，这是因为两者都有听起来类似法语的尾音。还有一种较委婉的说法是「お手洗い」（otearai），中文可翻译为「洗手间」。お手洗い实际上是指水槽。此外，中文也有的词汇「化妆室」（keshōshitsu）在日本也是厕所之意，通常在百货公司或超级市场的标示上可以看见，并会伴随公共厕所的标志符号 。

另外汉字「便所」（benjo）是最直接的称呼方式，也十分常见。通常在小学、公众游泳池的更衣室，以及其他的公共场所可以看到。「便所」并不会被视为不礼貌或过度直接的名称，但还是有许多人偏好使用较为婉转的词汇。在许多孩童的游戏中，出局小孩必须到特定的地方，例如一个圆圈的中间，那样的场所也被称为「便所」。日文还有许多其他的字词能代表厕所，包括「厕」（kawaya）、「惮り」（habakari）等，但都较为少在一般场合使用。

马桶在日文中称作「便器」（benki），马桶坐则称为「便座」（ benza）。给小孩使用的马通称为「オマル」（omaru，有时写作汉字御虎子）。

日本厕所协会将11月10日定为非官方的「厕所日」，因为11/10日文能读做「ii-to(ire)」，又有「好的厕所」之意。