萧氏族谱记载了这一古老姓氏的起源与发展。萧氏得姓始祖名叔字太心，为微子十三世孙。微子是帝乙长子，纣王之兄，名启。周成王时，微子代续殷，受封于河南商邱，国号宋，即今河南归德府商邱县。因其传至十余世，先后产生了孔、戴、皇甫、华、萧等姓氏，故为河南宗派之祖。自微子下传，至太心公以前，萧氏祖先皆有名无姓。太心公为“微子十三世孙，光公之子，生周平王时。庄王三十五年，宋大夫南宫万弑君闵公而立公子游。公仗义率宋室载武宣穆庄五公之子孙，以师伐之，杀其党南宫牛及子游等，而立公子御说是为桓公。又将猛获南宫万等醢之，以平乱有功，遂封食采萧邑，今徐州萧县是也，为宋附庸。惠王七年，公朝于周，加封萧邑为萧国，因封赐姓，是为萧姓得姓始祖，地属古之沛郡，故为沛郡宗派。”

据历史记载，伯益后裔也可能是萧姓的起源。古代嬴姓各部族首领伯益之后作士于萧，便以萧为姓，其后代延袭姓萧。起源可追溯到3000多年前的殷商时期。据史籍记载，伯益是个很能干的人，舜时曾负责掌火，“烈山泽而焚之”，使禽兽逃匿，开辟了许多农田；又跟随禹跋山涉水疏通河道，救万民于水火。伯益的巨大功绩使他的子孙得到封赏，其中一个叫孟亏的，被分封至萧地（今安徽省萧县西北），建立了萧国，并以国为氏。萧孟亏是萧姓第一人。

另一种说法认为，萧姓源自子姓，以国为氏。据《元和姓纂》、《古今姓氏书辨证》等有关资料所载，为周代宋国微子启的后裔。《通志·氏族略》：“萧氏，古之萧国也，其地即徐州萧县，后为宋所并，微子之孙大心平南宫长万有功，封于萧，以为附庸，宣十二年楚灭之，子孙因以为氏。”《元和姓綦》也持此说。由于宋微子是殷商后裔，而萧国是由微子之孙大心所建，故萧姓源流可追溯到上古圣君商汤。

此外，萧姓也可能来自少数民族改姓或被赐姓。据《续通志·氏族略》、《姓氏词典》、《古今姓氏书辨证》等有关资料所载，汉朝时巴哩、伊苏济勒、舒噜三族被赐姓萧，两晋南北朝时契丹巴哩、伊苏济勒、部噜三氏改姓萧。据《辽史·列传·后妃》记载：“太祖慕汉高皇帝，故耶律兼称刘氏，以乙室、拔里比萧相国，遂为萧氏。”辽后族以兰陵为郡望，并自称其先祖是兰陵人，把自己附会为西汉宰相萧何的后裔。

还有说法指出，萧姓可能源自外姓改入。据台北萧氏宗亲会印行的《兰陵世家·萧、钟、叶三姓本是一家》记载，宋朝有一将军名钟达，为奸臣所害，抄斩九族，他有七个儿子，其中三个死里逃生，为避害而分别改姓萧、叶。但此说多有破绽，存疑。