《名侦探柯南》主线剧情的集数丰富多样，从早期的云霄飞车杀人事件开始，历经数百个扣人心弦的故事，包括绑架、密室、恐吓、寻亲、抢劫、教授谋杀，甚至与黑衣组织的多次交锋。柯南与基德的对决，连续杀人事件，校园灵异，奇异冒险，家庭委托，直到灰原的秘密、赤面人鱼等，每个案件都见证了柯南的成长与破案技巧的提升。这部动画系列的集数跨越了多个篇章，总集数总计在1000集以上，为观众呈现了一个庞大而复杂的侦探世界。