1、起源不同

正一派源于汉朝，全真派源于金朝。

2、分布区域不同

正一派较主要分布在淮河以南的南方地区，而全真派主要分布在我国北方的广大地区，在南方地区也有所穿插（全真南宗）。

3、历史地位不同

正一派在古代（金元两朝除外稍可匹敌）一直处于受统治者承认的正统地位。而全真派并不被统治者认可，其影响远不如正一派大。

4、修行方式不同

正一派主修符箓，尚外丹，多为火居道士（即可吃荤娶亲）但也有居宫观的居观道士，但无论如何戒律的执行还是十分严格的，在历史的长期演变之下，正一不在重视关于玄学（道教哲学）的研究。全真派尚内丹，主性命双修。

5、派别不同

正一派在元以后就没有什么大的分化变动，宗龙虎天师祖庭（现祖庭暂移台湾）。全真派自创立之初便不断分化出大大小小许多派别，其中，最大的，也是最主流的是龙门派。