奥塔哥大学的本科费用根据专业有所不同。教育、社工、神学、人文科学等专业的学费约为24045纽币；商科、音乐、法律专业的学费约为27405纽币；健康科学专业的学费约为31259纽币；牙医临床专业的学费高达90825纽币；医学实验科学专业的学费为36120纽币；药理学专业的学费为37257纽币；物理疗法专业的学费为36750纽币；生物医学和理科专业的学费为30345纽币；临床医学专业的学费在第2、3年为71400纽币，在第4至6年为81060纽币；牙医技术、口腔健康专业的学费为43289至37257纽币。

奥塔哥大学的研究生费用同样因专业而异。人文、教育、音乐、法律等专业的学费在25830至31290纽币之间；商科专业的学费为28140纽币；健康科学和医学专业的学费在31290至36750纽币之间；理科专业的学费在29085至30345纽币之间；测量学专业的学费为31290纽币；神学专业的学费为27720纽币。

商务硕士（为期18个月）的学费为50652纽币或56322纽币；职业会计硕士的学费为56280纽币；旅游硕士、金融硕士和企业管理硕士的学费为42210纽币；商务数据科学专业的学费为44843纽币。