哈尔滨有3个火车站，分别是哈尔滨火车站、哈尔滨东站、哈尔滨西站。

哈尔滨火车站是全国最大的火车站之一。每日有始发至北京、上海、广州、天津、太原、武汉、石家庄、沈阳、济南、青岛、大连、徐州、满洲里等地的旅客列车；也有到达北京、天津、沈阳北的动车组。其外形设计更是独具一格，为欣赏建筑提供了良好的视距和视点。

2013年9月26日10：30分，哈尔滨地铁一号线开通，从哈尔滨东站发出第一班地铁。至此哈尔滨东站成为黑龙江省内第一座也是5年内唯一一座集铁路客运，公路长途（三棵树公路客运站），市内交通（10多条公交的始发站），地铁（哈尔滨地铁一号线）与一处的交通综合枢纽。

哈尔滨西站是高铁站，毗邻哈尔滨六九联中，设计规模18台22线，站房面积70000k㎡。哈尔滨西站东西横距888m，南北纵距540m，距离道里5km，距离南岗5km，距离哈尔滨站8km，距离哈尔滨太平国际机场25km。哈尔滨地铁4号线、哈尔滨地铁5号线经过哈尔滨西站。