1952年，全国高等学校院系调整，厦门大学农学院和福州大学农学院合并，建立了福建农学院，校址设在福州魁岐协和大学原址，设农学、园艺、森林3个系，共有教职工198人，其中教授18人、副教授6人、讲师9人，在校学生391人。

1958年，林学系分出，单独设立了福建林学院。同年，福建农学院又创建漳州分院。1960年，漳州分院划归龙溪地委领导并更名为漳州农学院。1962年，漳州农学院撤销并入福建农学院。1958年，福建农学院校址迁到福州市郊梅峰，占地1100亩，发展到6个系、13个专业。

1962年，开始招收研究生。到1965年，福建农学院已有在校学生1308人，专任教师327人，其中正副教授18人、讲师65人。仪器设备总值150余万元，图书馆藏书17万册，办有农场、园林场、畜牧场、农业机械厂、养蜂场等。还在全省建立10余个教学、科研点。农学系培育出深受农民欢迎的稻种“梅峰3号”，园艺系培育出弛名中外的包菜良种“福农3号”和花椰菜良种“福农7号”，仙游县龙华基点推广“甘蔗育苗移栽”等技术措施，取得显著经济效益。

“文化大革命”中，福建农学院于1969年被撤销，干部教师下放劳动，图书仪器大部破坏散失，校园被占用。1972年，福建农学院、福建林学院合并复办，成立福建农林大学，校总部设在南平市西芹福建林学院原址，分部设在三明市和沙县两地。1977年，撤销福建农林大学，恢复福建农学院，在三明市荆东和沙县洋坊两地办学。

粉碎“江青反革命集团”以后，特别是中共十一届三中全会以来，经过拨乱反正，福建农学院得到恢复和发展，恢复7个专业，增办6个专业。1977年起，招收4年制本科生。1979年，福建省委批准该校在福州金山新址重建，校园占地1800多亩，校舍总建筑面积12万平方米。

1981年，获全国首批硕士学位授予权。作物栽培与耕作学、作物遗传育种、昆虫学、经济林4个专业获准设立硕士点。1984年，获全国第二批博士学位授予权。作物栽培学与耕作学、昆虫学2个专业获准设立博士点，博士指导教师分别是著名甘蔗专家周可涌教授和著名昆虫学家赵修复教授 。1986年，全院迁回福州市金山新址 。2000年福建农业大学和福建林学院合并为福建农林大学。2003年，学校被确定为福建省重点建设高校。