福建师范大学目前拥有两个主要校区，分别是位于仓山的仓山校区和位于高新区大学城的旗山校区。原有的福清分校因为管理体制的调整，现已独立成为另一所学校。

学校共有全日制本科生约23000人，全日制研究生约7000人。其中，仓山校区本科仅有3个专业，学生总数约为1400人，而研究生则全部集中在仓山校区，人数达到8400多人。相比之下，旗山校区的学生数量更多，约为22000人。

这两个校区各自承担着不同的教学任务和学生分布。仓山校区侧重于本科教育，旗山校区则更为广泛地涵盖了本科和研究生教育，为学生提供了多样化的学习环境和资源。