大三巴牌坊第三层的系列雕像以正中的无原罪圣母像为中心分界，呈现出高低宽窄不一的布局。第一对雕像是左右对称的中国佛教式石狮子半身像。第二对雕像是左边的展翅鸽子与右边的双箭交叉穿王冠的雕像。第三对雕像是左边的女身加魔鬼头和四肢的雕像，其胸前有一镖枪穿中，右边有汉文句“鬼是诱人为恶”，左边有顺时针方向的右旋十字；右边是骷髅白骨，左边有汉文句“念死者无为罪”，右边有逆时针方向的左旋十字。第四对雕像是左边的圣母在大海上护导三桅帆船，右边是圣母足踏七头之龙，其右上角有汉文句“圣母踏龙头”。第五对雕像是左边的三角形双龙或人头喷水柱及长方形水池，右边是一棵生命或菩提树。第六对雕像是无原罪圣母像两边的对称的上、中、下三个天使像。这些雕像不仅具有非传统的天主教形式和内容，而且其中三个雕像附有汉文说明文字，这是其他各层所没有的。据澳门徐新先生考证，那个年代的巴洛克建筑上刻有中文字样的只有澳门的圣保禄教堂。在同时代的天主教堂雕像中，只有这里附有深意的系列汉文图解说明，而非偶然出现的、个别孤立的、无甚深意的中文字样。这一独特的以汉文解说雕像的现象本身，已显示出这一系列雕像具有来自中国的文化、宗教渊源。科塞依罗也曾指出，使用一些新的艺术图形，无论是中文字，还是一些当时对于欧洲宗教建筑艺术仍很陌生的东西，是大三巴牌坊这一宗教艺术建筑最有特色的方面。例如魔鬼和死亡的形象，以及不同于特兰托大会以后的宗教艺术图形法的象征主义表现手法。这些创新或前所未有的东西，显然都是耶稣会在中国传教新方法的结果，即逐步适应政策的反映。这是一种不同于当时在非洲和美洲使用的“白板”TABULA RASA式传教的华新传教法，是由沙勿略构思，范礼安策划，利玛窦和罗明坚成功地加以实践。因此，除了新的传教方式之外(无疑这在当时是居于首位的)，还需要研究各方面的相应关系，以更好地了解作为一种战略结果和同化的反映，耶稣会在澳门和中国艺术发展方面的情况。以上之论，无疑是很正确和极富启发性的。在对大三巴牌坊总体的看法上既赞同要“更好地了解作为一种战略结果和同化的反映”，但同时亦认为必须正视问题的另一方面，即同化中国文化的结果本身导致了被天主教正统派视为异化。如前所述，其结果最终导致了大三巴教堂不但成为废墟，而且成为坟场的悲剧。前人特别是西方的研究者，由于对中国的宗教文化缺乏深入的理解，对这牌坊中所具有的佛教内涵的雕像及三句汉文，往往只能作画面及字面的浅链铅解甚至是误解。因此，有关牌坊是中西文化融合和同化结果的论述大都停留在浅表而又抽象的范围内。当然，这是可以理解的。但是，我们不可以永远停留在图像及文字的表面的浅解即止，而应在继承前人的成果的基础上，继续深入探讨其非传统天主教的文化深层内容意义，究竟是来自中国的哪些宗教文化的背景故事。笔者认为，这第三层的雕像和文字，都有取材借鉴于佛教经典，特别是其中有关释迦牟尼佛的前世今生的“本生经”或“本起经”的故事。我们必须把图像和有关文句的真正来源和含义结合起来探讨，才有可能真正收到揭秘解谜之效。