南昌市城乡规划局的内部机构设有九个主要职能部门，具体职责如下：

1. 办公室: 负责协调局内各部门的行政工作，负责文件起草、审核、管理和人事、财务等综合事务，包括政府信息公开的推进、指导和监督。

2. 技术处: 主管重大项目规划审批，包括修建性详细规划和规划设计方案，以及建筑艺术委员会和交通影响评价委员会的日常事务。

3. 用地规划处: 负责建设项目选址论证和建设用地规划管理，确保依法进行。

4. 规划编审处: 进行规划科研和城市发展问题研究，编制并审查城市规划，管理规划设计市场和资质，负责城市规划委员会的日常工作。

5. 政策法规处: 制定和修订城乡规划法规，负责法规的报送、备案和行政复议等工作，保障依法行政和维稳。

6. 市政工程规划处: 负责城市市政项目和管线的规划审批，参与城市道路开挖的并联审批，以及市政工程项目的验收工作。

7. 乡镇规划处: 指导县区规划和管理工作，负责县域城镇体系和村镇规划的编制，以及城市规划协调工作。

8. 测绘管理处: 制定测绘政策，监督实施，编制测绘规划，负责基础测绘、地理信息管理，以及测量标志的保护。

9. 行政审批服务处: 负责规划行政许可申请处理，核发相关许可证，负责审批和收费事项，并参与行政审批制度改革。

最后，机关党委负责局机关和下属单位的党群工作，而纪检组（检察室）作为市纪委（市监察局）的派驻机构，承担监督职责。