内蒙古农业大学现拥有三个校区，分别是位于内蒙古自治区呼和浩特市赛罕区学苑东街的呼和浩特市校区，位于内蒙古自治区包头市萨拉齐镇110国道旁的职业技术学院校区，以及位于内蒙古自治区海流图科技园区的校区。学校由这三个部分组成，形成了"一校三区"的办学布局。

学校总占地面积达1000公顷，其中教学科研用地约为600余公顷。校舍建筑总面积为108.1万平方米，内设4个标准田径场(馆)。此外，教学科研仪器设备总值达到8.26亿元。

呼和浩特市校区作为学校的主体校区，是学校的教学、科研和管理的核心。职业技术学院校区则主要承担职业技术教育的任务，培养具有实际操作能力的技术人才。而海流图科技园区校区则专注于科学研究和技术创新，为学校的科研工作提供了重要的支持。

各个校区之间通过高效的交通网络和信息网络紧密相连，实现了资源共享和优势互补。这样的布局不仅为学生提供了良好的学习环境，也为学校的持续发展奠定了坚实的基础。