在解决一个关键问题，影片的结尾不是母体消灭的人类，而是一种共存的状态，锡安的人类得到解放可以到地面活动，同时母体也存在，就是说，母体不再将人人禁锢在其意识之内，但是，设计师最后的一句话（大概意思是说，这样的和平又能维持多久呢？)道破了天机：母体是依靠人类的能量存活的，最终，母体为了自身的生存还是要回来奴驭人类的。

最后那个铁球是母体控制下的一个机器，其实就是设计师（母体中心）控制的，他和尼奥的对话就是设计师和尼奥的对话，先知不能控制程序，只有设计师可以控制特工和所有的机器，但是，后来的特工变异了，他们有了无限复制的能力，就是说脱离了设计师（母体中心）的控制，这时设计师也觉得特工的变异已经可能威胁到自己，所以答应尼奥以人类的解放作为条件来换取尼奥的支持。至于你说的为什么不能多制造那种武器，一方面，人类的资源有限，那么多人在锡安里原始的方法制造炮弹（影片有演绎）可以看出，另外，外面的世界有乌贼的不断骚扰和巡哨，再加上铁球周围的武器防卫，普通的士兵是进入不了机械城的。尼奥也是费尽了所有能量才进入机械城的啊。