日本菅姓的来源主要有以下几种说法：

一、源自中国姓氏。有观点认为菅姓源自中国，是秦始皇的后代子孙中一支改姓所形成的。在古代，姓氏的来源多与皇权、贵族有关，菅姓也不例外。随着历史的变迁，部分秦始皇的后代子孙因种种原因改姓菅，并传至日本。

二、源自日本天皇家系。另一种说法是菅姓与日本的皇室内有关。日本皇室曾有因避难等原因改姓的历史，其中一些成员可能改姓菅。这一说法反映了日本皇室与普通百姓间的紧密关系，也体现了姓氏在日本社会中的重要地位。

三、其他来源途径。除了以上两种主要说法外，还有一些关于菅姓来源的次要观点。例如，有人认为菅姓可能源自日本古代的一种官职或地名等。这些说法虽然不如前两种普遍，但也反映了日本姓氏的多样性和复杂性。

综上所述，日本菅姓的来源比较复杂多样，其具体来源尚无定论。无论其源于中国还是日本皇室，都体现了日本姓氏文化的独特性和丰富性。由于历史久远，要准确追溯菅姓的源头较为困难，未来或许会有更多新的研究成果出现，揭示菅姓更深入的来源和历史背景。