高速ETC扣费是有手续费的。高速ETC扣费手续费如下：

1.如果是走人工通道的，车主需要在高速路口处收取费用，收费标准因地区而异，一般情况下，车主不需要支付高速费。

2.如果是走ETC通道的，车主需要在感应缴费机上缴费，一般收费标准为3元(月)，部分地区会收取50%的跨行费用。

因此，高速ETC扣费是有手续费的，具体收费标准因地区而异。