海军工程大学毕业后的分配问题主要取决于个人的专业、成绩、个人意愿以及部队的需求。

海军工程大学是一所培养海军军官和专业技术人才的军事院校，其毕业生一般会分配到海军部队或相关机构工作。具体的分配去向会根据个人的专业背景和部队的实际需求来确定。通常，毕业生会被分配到与所学专业相关的岗位，以充分发挥其专业知识和技能。同时，个人的成绩和表现也会影响到分配的去向和岗位。

在分配过程中，部队还会考虑个人的意愿和需求。毕业生可以根据自己的兴趣和发展方向，提出自己的分配意愿。部队会尽力满足个人的合理分配需求，但同时也需要考虑到整体利益和部队的实际需求。

总之，海军工程大学毕业后的分配问题是一个综合考虑个人专业、成绩、意愿和部队需求的过程。毕业生需要充分了解自己的专业背景和部队的需求情况，以做出更明智的选择。同时，部队也需要重视个人的意愿和发展需求，以更好地促进人才的合理配置和部队的战斗力提升。